Троицкая церковь была (до ее разрушения) одной из самых древних на территории нашего города.

Первоначально храм был деревянным и первое известное ныне свидетельство о нем относится к 1646 году. Первый этаж каменной троицкой церкви был построен в 1736 году, во времена царствования императрицы Анны Иоанновны, и является самым древним каменным зданием царевококшайска. К 1757 году был достроен второй этаж храма, средства на постройку церкви были пожертвованы царевококшайским купцом Стефаном Вишняковым и крестьянином деревни жуково Алексеем Осокиным

. По своим архитектурным формам храм был типичным памятником русского зодчества Xvii века. Традиционное пятиглавие луковичной формы на "Глухих" барабанах, расставленное широко и свободно, венчало столь же обычное четырехскатное покрытие, завершавшее основной куб церкви, перекрытый Коробовым (общим) сводом. С Востока к храму примыкали алтарные полукружия - апсиды, а с Запада - трапезная с крыльцом. С северной и западной сторон церковь была опоясана открытой галереей - гульбищем. Через галерею - мостик у северо-западного торца храм был связан с четырехъярусной восьмигранной колокольней, построенной в духе архитектурных традиций Xviii века. Здесь располагалось семь колоколов разного веса - от 281 до 1 пуда. Плоскость стен церкви оживляли затейливой формы наличники с висячими гирьками, декоративные закомары по карнизу основного куба, поясок поребрика.
В верхнем этаже здания размещался главный храм, освященный в честь святой троицы, нижний придел носил имя святителя Николая, мирликийского чудотворца. Интерьер церкви поражал роскошной утварью и иконами. Среди них наибольшую известность получил резной из дерева образ спасителя, сидящего в темнице в терновом венце. На деревянной колодке была надпись "От Стрельца 1695 год". В силу своей величины данный образ не выносили из храма во время крестных ходов, но марийское население испытывало к нему особое благоговение, приезжая издалека и заказывая молебны с водосвятием. Иные из приезжающих во время молений надевали на изображение спасителя светильню или нитку на те части тела, заболеваниями которых страдали. Потом эти нитки увозились домой, и носились болящими до тех пор, пока те не получали исцеления. В настоящий момент образ спасителя в темнице находится в храме рождества пресвятой богородицы села Семеновка.
В верхнем этаже троицкой церкви имелся деревянный четырехъярусный иконостас, окрашенный белой краской и украшенный золоченной резьбой с восемью деревянными колокольчиками. 64 его иконы размещались в тонких серебряных, медно - серебряных и медно - золоченых с серебряными венцами ризах. В нижнем храме иконостас двухъярусным был. Среди других икон троицкой церкви выделялись образы господа вседержителя, печерской божией матери, святителя Николая чудотворца. В трапезной верхнего этажа имелись хоругви, образ божией матери "Троеручица", а в алтаре - выносной крест и иконы в дорогих ризах.
В приход храма входили деревни жуково, ширяйково, сидорово, марково, кожино, пахомово, туруново и часть горожан царевококшайска. При церкви действовали библиотека, состоявшая в 1915 году из 420 томов, и женская церковно - приходская школа. Кроме того, аналогичные школы располагались в деревнях туруново, жуково, кожино, к храму были приписаны три часовни: во имя великомученика Георгия Победоносца в деревне жуково, в честь святителя Николая чудотворца - в деревнях сидорово и туруново.
История трагична троицкого храма в советское время весьма. В начале 1920-х годов духовенство церкви во главе со священником Иоанном Петровым уклонилось в обновленчество и данных о принесении им покаяния в отступлении от православия к настоящему времени не имеется. 21 апреля 1932 года комиссия по рассмотрению религиозных вопросов при облисполкоме приняла постановление о закрытии троицкой церкви. Здание было передано маробоно на предмет использования его под марийский центральный краеведческий музей. Церковное имущество частично пополнило музейные фонды, частью было передано в другие храмы. Летом 1939 года здание разобрали до первого этажа, несколько десятилетий развалины церкви, поросшие бурьяном, стояли во дворе автохозяйства.
В 1991 году остатки троицкого храма были возвращены церкви, строительные работы продолжались почти полтора десятилетия. 17 мая 2003 года архиепископ йошкар-олинский и марийский Иоанн освятил престол нижнего храма во имя святителя Николая чудотворца. Расположенный на втором этаже главный престол в честь святой троицы был освящен 25 мая 2008 года. Несколько ранее, 25 сентября 2004 года, совершилось поднятие куполов с крестами на храм. Это технически сложное мероприятие стало возможным благодаря руководству ООО "Волгатрансгаз" (помарское лпо), предоставившему 60-тонный подъемный кран с 45-метровой стрелой. Глубоко символичным стало то, что поднятие куполов совершилось незадолго до празднования воздвижения креста господня. "Воздвижение куполов и крестов имеет как внешнее значение - законченность формы храма, так и внутреннее духовное значение, - отметил архиепископ Иоанн. - Купол символизирует горение и молитву верующих к богу, крест же - оружие непобедимое, на котором зиждется наше спасение. Взирая внешними и внутренними очами на эти символы, христианин не просто проникается благоговением перед подвигом господа на кресте, но и возрождается духом, укрепляется в вере".